В 1951 году в Институте экспериментальной патологии и терапии рака Академия медицинских наук СССР, правопреемником которого является  ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н.Блохина» Минздрава России, создается научно-организационный отдел, который также отдел проводил работу по подготовке специалистов-онкологов и повышению квалификации в области онкологии среди врачей общей лечебной сети.
После нескольких преобразований в 2020 году сформирован Департамент профессионального образования, куда входят:

• Методический образовательный отдел;
• Кафедра последипломного образования врачей;
• Многофункциональный симуляционно-тренинговый аккредитационный центр;
• Научно-медицинская библиотека.

В соответствии с лицензией на осуществление образовательной деятельности (регистрационный номер № Л035-00115-77/00096121, срок действия лицензии - бессрочно), выданной 22 февраля 2018 года, и свидетельством о государственной аккредитации образовательной деятельности (серия 90А01 № 0003763, регистрационный номер № 3543, срок действия государственной аккредитации - бессрочно), выданным 09 апреля 2021 года, ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России осуществляет образовательную деятельность  по подготовке кадров высшей квалификации по программам аспирантуры и ординатуры, а также в области дополнительного профессионального образования. 

В Учреждении реализуются 12 образовательных программ ординатуры:

Код специальности	Специальность	Нормативный срок обучения	Форма обучения
31.08.02	Анестезиология-реаниматология	2 года	очная
31.08.05	Клиническая лабораторная диагностика	2 года	очная
31.08.07	Патологическая анатомия	2 года	очная
31.08.08	Радиология	2 года	очная
31.08.09	Рентгенология	2 года	очная
31.08.11	Ультразвуковая диагностика	2 года	очная
31.08.14	Детская онкология	2 года	очная
31.08.30	Генетика	2 года	очная
31.08.57	Онкология	2 года	очная
31.08.61	Радиотерапия	2 года	очная
31.08.62	Рентгенэндоваскулярные диагностика и лечение	2 года	очная
31.08.70	Эндоскопия	2 года	очная

Подготовка научных и научно-педагогических кадров в аспирантуре осуществляется по 3 научным специальностям:

Код научной специальности	Научная специальность	Нормативный срок обучения	Форма обучения
3.1.6	Онкология, лучевая терапия	3 года	очная
3.1.25	Лучевая диагностика	3 года	очная
3.3.2	Патологическая анатомия	4 года	очная

Подготовка обучающихся ведется в современных аудиториях, оборудованных компьютерной и мультимедийной техникой, а также в отделениях и клинических подразделениях оснащенных самым современным диагностическим и лечебным оборудованием.

Выпускники ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н.Блохина» Минздрава России, являясь грамотными и конкурентоспособными специалистами, пользуются неизменной востребованностью в научно-исследовательских институтах и учреждениях практического здравоохранения России и зарубежных стран.